Несколько лет, наполненных напряженным трудом, привели от природы слабое здоровье Сергея Ивановича в полное расстройство, и в конце концов появились признаки заболевания туберкулезом. В 1913 году Сергей Иванович вместе с женой отправился в Башкирию, чтобы пройти курс лечения кумысом.
В 1914 году началась Первая мировая война, и Сергей Иванович должен был быть призван в армию, но по причине расстроенного здоровья он был освобожден от службы. Взамен этого он должен был нести дополнительное послушание — преподавать на курсах при Покровской общине сестер милосердия, находившейся на Покровской улице в Москве. Несмотря на занятость на преподавательском поприще, Сергей Иванович не оставлял мысли о научной работе и в марте 1916 года представил в академию для защиты магистерскую диссертацию, которая по неизвестным причинам не была защищена. К этому времени Сергей Иванович опубликовал более двадцати статей, очерков и заметок в периодической церковной печати.
В 1917 году в России установилась богоборческая власть, с приходом которой прекратилось существование Духовной семинарии, прекратилась и преподавательская деятельность Сергея Ивановича.
В 1917–1918 годах в Москве проходил Поместный Собор Русской Православной Церкви, к работе которого Сергей Иванович был привлечен в качестве делопроизводителя, и здесь он познакомился с Патриархом Тихоном.
В это время семью Сергея Ивановича выселили из казенной квартиры при семинарии — сначала на улицу, а затем дали маленькую комнату в коммунальной квартире на Сретенке. В доме, несмотря на зимнее время, не было ни отопления, ни освещения. В качестве отопительного прибора посреди комнаты стояла небольшая железная печка, которую топили сначала мебелью, а затем книгами.
После закрытия семинарии Сергей Иванович стал преподавать русский язык и литературу в средней школе (бывшей гимназии Баумерт), в которой и среди преподавателей, и среди учеников царили нищета и голод: все сидели на уроках в верхней одежде, и у учителей, и у учеников случались голодные обмороки. По совместительству Сергея Ивановича пригласили читать лекции на курсах политпросвета в одной из воинских частей, что несколько облегчило материальное положение семьи, так как здесь ему вознаграждение выдавалось не деньгами, а продуктами.
Окружающие страдания, гонения на Русскую Православную Церковь, любовь к отечеству привели его к решению принять сан священника, которое окончательно утвердилось после беседы с Патриархом Тихоном. В феврале 1920 года Сергей Иванович был рукоположен в сан диакона, а в мае того же года — в сан священника и назначен настоятелем храма святителя Николая в Покровском, напротив Покровской общины сестер милосердия. Рядом с храмом был церковный дом, в котором две комнаты были отведены настоятелю. Со всей энергией пастыря, только что вступившего на священническое поприще, отец Сергий взялся за дело благоустроения и просвещения прихода. Кроме богослужений он организовал при храме некое подобие начальной школы для прихожан, где в доступной форме разъяснял содержание Священного Писания, церковных служб и учил прихожан церковному пению. В 1921 году отец Сергий был возведен в сан протоиерея. Все это время он продолжал преподавать русский язык и литературу в школе.
В 1922 году власти стали чинить препятствия тем, кто одновременно со служением в храме занимался преподавательской деятельностью в советских общеобразовательных учреждениях. На следствии в 1937 году протоиерей Сергий сказал, что оставил служение в храме в 1922 году ввиду опубликования декрета, запрещающего священнослужителям быть преподавателями. Уйдя из Никольского храма, отец Сергий регулярно служил без зачисления в штат в Никольском единоверческом монастыре (возможно, в 1922-1924 гг.), где в это время был настоятелем его товарищ по Духовной Академии епископ Никанор (Кудрявцев).
В 1926 году отец Сергий был назначен настоятелем в храм Святой Троицы в Никитниках в центре Москвы. Основное помещение храма к тому времени было закрыто, и богослужения совершались в подклети церкви, где был расположен придел в честь Грузинской иконы Божией Матери. Первой задачей здесь отца Сергия стало восстановление богослужения в соответствии с уставом, и богослужение здесь стало совершаться так, как оно совершается в монастырях. Пелись и читались все положенные стихиры.
Это явление было характерно и для некоторых других храмов Москвы, где настоятелями оказывались ревностные и неленостные пастыри. В эпоху беспощадных гонений для многих верующих стала очевидна особая значимость молитвы, и прежде всего — молитвы церковной. Путь молитвы оказывался зачастую самым надежным путем ко спасению и единственной оградой, поддержкой и защитой среди гонений, бед и искушений. Вокруг Троицкого храма собрался крепкий приход. Здесь всё прихожане делали сами — пели, прислуживали в алтаре, читали за богослужением. И все это делалось бесплатно. Свечи прихожане брали сами, опуская посильную лепту в ящик, кто сколько мог.
Один из прихожан храма, Василий Петрович Савельев (впоследствии архимандрит Сергий), так описывает богослужение в храме: «После литии почти все свечи и лампады были погашены и храм погрузился во мрак. Молящиеся — их было немного, человек тридцать — сели на скамьи и сидя слушали поучение, полагавшееся на этот праздничный день. После чтения поучения и кафизм все светильники вновь были зажжены и певчие дружно запели псалом «Хвалите имя Господне», и не в четырех стихах, как поется обычно в храмах, а полностью. В этот момент из алтаря вышел священник, держа в руках пук горящих свечей, которые тут же были розданы молящимся. В храме стало светло, тепло и богато. Большие восковые свечи пред иконами горели ярко; подсвечники блестели золотом; паникадило сияло от восковых свечей; тихо мерцали разноцветные лампады; белоснежные узорчатые полотенца нежно облегали темные лики старинных икон; лица молящихся светились радостью, а певчие дружно, обиходным московским распевом продолжали петь стихи хвалебного псалма. "Иже порази языки многи и изби цари крепки”, — пели вдохновенно на одном клиросе, и столь же вдохновенно продолжал другой клирос: "Сиона царя Аморейска, и Ога царя Васанска, и вся царства Ханаанска”. Окончив этот псалом, певчие с еще большим подъемом запели другой псалом, в котором повествуется о том, как велик и чуден наш Господь Бог. По окончании этого псалма пели величание. Последний раз величание пели все присутствующие в храме. Это был момент наибольшего молитвенного подъема. Было радостно, так светло, так празднично, как бывает только на Пасху. Дальше следовало чтение Евангелия, в котором слова "Сей есть Сын Мой возлюбленный” звучали как непреложная, Божественная истина, озаряющая нашу жизнь и возводящая нас от земли на небо. Во время чтения первого часа почти все светильники были погашены и храм снова погрузился во мрак. Вокруг все стихло, и храм наполнился молитвою. Только ровный и спокойный голос чтеца нарушал благоговейную тишину и разносил по храму слова псалмов, которые сладко западали в размягченную душу. Законы и понятия чувственного мира, которые обычно порабощают нас, куда-то исчезли. Вместо них раскрылись законы и понятия другой жизни, духовной, Христовой, которая вне времени и пространства и которая чудесно преображает всех прикоснувшихся к ней чистым сердцем. "Яко тысяща лет пред очима Твоима, Господи, яко день вчерашний, иже мимо иде”, — слышались в затихшем храме слова псалмопевца.
Так, в молитвенной тишине закончилась праздничная утреня... Под большие праздники совершались "всенощные бдения”. Это означало, что мы начинали службу около десяти часов вечера и оканчивали в пять-шесть утра. Хотя внешнее убожество наших богослужений в такие праздничные дни было особенно очевидно, но мы его не видели. Теплота соборной молитвы все преображала, нищета раскрывалась богатством, а души наши преисполнялись светлой радости. По окончании службы была братская трапеза. Она была убога, так, кое-что, но и в ней сладость духовная была неизъяснимой. Она была отзвуком "вечери любви” первых христиан».
Однако попытка восстановления богослужения на основе следования букве церковного устава и поставление именно его в центр приходской жизни оказалась не вполне удачной. Архимандрит Сергий (Савельев) писал: «Воссоздание церковного устава в богослужениях не могло быть простым копированием того, что написано в уставе, так как для такого богослужения необходимы люди, не только любящие устав, но и живущие в соответствии с ним. А таких людей почти не было...
Протоиерей Сергий Голощапов этого не понимал. Он был убежден, что уставное богослужение найдет горячий отклик среди верующих и поддержка ему будет обеспечена. Но этому не суждено было осуществиться. Оказалось, что совершение уставных служб с "неуставными” людьми было таким трудным и неблагодарным делом, что даже и любители старины не проявляли рвения к тому, чтобы его поддержать. Они заходили в храм, выражали свое сочувствие отцу Сергию, но далеки были от того, чтобы разделить с ним его повседневные труды.
Единственными помощниками настоятеля в совершении уставных служб и в заботах о храме была небольшая группа молодежи. Но и она была связана с ним не столько внутренне, сколько внешне.
Причина этого заключалась в том, что настоятель имел на жизнь Церкви и на ее будущее безнадежно-унылый взгляд. Для него восстановление церковного устава было самоцелью. Он смотрел на жизнь Церкви, как на догорающую свечу, в горести склонив голову. Имея такой взгляд, он замкнулся в своих уставных увлечениях и своих духовных детей старался напитать тем же. Но его духовные дети были еще слишком молоды, чтобы удовлетвориться такой пищей. Для них само понятие "догорающей свечи” было чуждым. Догорать и чадить может все, но не Святая Церковь.
Для молодых самоцелью могла быть только жизнь во Христе. Восстановление же строгого уставного богослужения было необходимо им лишь в той мере, в какой оно эту жизнь помогало утвердить.
Это разномыслие между протоиереем Сергием Голощаповым и наиболее жизнедеятельной частью общины с течением времени все более нарастало и углублялось. А так как протоиерей Голощапов не способен был преодолеть это разномыслие, то община была обречена на распад. Этот распад произошел довольно быстро и совершенно неожиданным образом.
В 1927 году митрополит Сергий, замещавший тогда Патриаршего Местоблюстителя, митрополита Петра, находившегося в заключении, обратился к верующим с воззванием, которое породило в церковной жизни глубокое волнение.
Часть церковного общества осудила митрополита Сергия и откололась от него. В числе непримиримых противников его оказался и настоятель Грузинской общины протоиерей Сергий Голощапов...»
В 1927 году выступил с резкой критикой Декларации митрополита Сергия (Страгородского), предусматривавшей далеко идущие уступки советской власти. Вошёл в каноническое общение с митрополитом Иосифом (Петровых) и становится заместителем протоиерея Валентина Свенцицкого в руководстве московскими «иосифлянами». После ареста летом 1928 года протоиерея Валентина Свенцицкого, стал настоятелем храма Николы «Большой Крест» на Ильинке, продолжая руководить и православной общиной храма в честь Грузинской иконы Божией Матери, закрытого 30 сентября 1929 года.
В конце двадцатых годов началась новая волна гонений на Русскую Православную церковь. 30 сентября 1929 года Троицкий храм был закрыт, а 28 октября его настоятель протоиерей Сергий был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму.
11 ноября следователь Александр Казанский допросил священника. На заданные ему вопросы отец Сергий ответил таким образом: «Принадлежа к Дмитровской группе в силу подчинения ее митрополиту Петру Крутицкому, я интересовался только церковной стороной их деятельности, а их политическую физиономию я не представляю себе до сего времени. Правда, мне иногда приходилось знакомиться с их документами или с документами их сторонников, но я как-то, по-моему, проглядывал антисоветские места в них. Во всяком случае, я таких документов, четко антисоветских, не помню».
20 ноября 1929 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило отца Сергия к трем годам заключения в Соловецком лагере особого назначения.
По прибытии в лагерь священник сразу же был отправлен на общие работы на лесные разработки, находившиеся в глубине большого Соловецкого острова, представляющего собой топкое, болотистое и непригодное для жилья место. На Соловки он попал в то время, когда там еще не окончилась эпидемия тифа, и после недели работы в лесу отец Сергий тяжело заболел и был помещен в центральную больницу лагеря.
Здесь выяснилось, что он хорошо знает латынь и имеет высшее, хотя и богословское, образование. После выздоровления начальник санчасти предложил священнику сдать экзамен на помощника лекаря. Сдав экзамен, отец Сергий остался в санчасти в качестве помощника лекаря, что помогло ему выжить, несмотря на слабое здоровье, в условиях лагеря.
В санчасти было много верующих, и под большие праздники они совершали богослужения, что являлось для них большим утешением. Однако службы эти лагерным начальством не разрешались, и время от времени администрация лагеря обыскивала бараки, изымая все вещи и книги, относящиеся к богослужению. Так, в октябре 1930 года у протоиерея Сергия были изъяты богослужебные книги, епитрахиль, поручи, просфоры, запасные Дары, иконки, кадильница и ладан.
Сразу же после ареста священника его семья была выселена в комнату, которая являлась сторожкой, где когда-то жил один сторож, теперь она была разгорожена дощатыми перегородками на четыре темных и сырых комнатушки.
Летом 1931 года протоиерей Сергий был выслан из Соловков в город Мезень Архангельской области. Тогда же в Москве была арестована его жена, которая также была сослана в Мезень. Условия жизни здесь были крайне суровыми, работа если и была, то только физическая, которая и отцу Сергию, и его жене была не по силам. Жили они, снимая проходную комнату у не отличавшихся доброжелательностью хозяев, а кормились тем, что им удавалось выручить за даваемые ими уроки и от продажи бумажных цветов, которые они научились здесь делать.
Летом 1934 года срок ссылки окончился и им разрешено было выехать из Архангельской области в центральную Россию. Они поселились в городе Муроме Владимирской области. Через полтора года им разрешили переселиться ближе к Москве, но не ближе ста километров. Они выбрали Можайск и поселились здесь. Можайск в то время был переполнен людьми, вернувшимися из ссылок и лагерей, было трудно найти квартиру и невозможно было найти работу. У отца Сергия в это время обострились его болезни и к бывшим прибавились трофические язвы на ногах. В 1936 году жене священника Ольге Борисовне разрешили вернуться в Москву. Она устроилась домработницей, и с этого времени у семьи появился небольшой, но постоянный заработок.
По свидетельству сына, священник в это тяжелое время, когда не виделось никакой перспективы на улучшение обстоятельств жизни в будущем, не только не падал сам духом, но и поддерживал всех, кто обращался к нему за помощью. В крохотной комнатке, которую он снимал в Можайске, отец Сергий устроил маленький алтарь и здесь совершал утренние и вечерние службы, горячо молясь за всех страждущих и гонимых христиан.